正解: A.“run over”

様々な意味を持つ “run over” ですが、会議などを主語にする場合は「長引く」ことを意味し、“The meeting ran over.”「会議が長引いた」のように使います。“run” には出来事が「起こる」「（とある期間）続く」といった意味が、“over” には「越える、上回る」といった意味があるんです。
「ちょっとだけ」のつもりが、ついつい長引いてしまうことってよくある話ですよね。

Bの “overtime” も時間が予定を超過することを意味しますが、スポーツや仕事などを主語とし、“The game went into overtime.”「試合は延長戦になった」や、“I had to work overtime.”「残業をしなきゃいけなかった」のように使います。

Cの “overdone” は「度を超した」という意味で、時間は関係なく程度が行き過ぎていることを表します。例えば “The chicken was overdone.”「その鶏肉は焼き過ぎだった」のように使います。